Die Regensburger Kantorei hat zwei Gründungsdaten. 1542 wurde zugleich mit dem ersten evangelischen Abendmahl in der Neupfarrkirche die evangelische Kirchenmusik begründet. Jahrhunderte lang gestaltete ein Schülerchor aus Alumnen die evangelischen Gottesdienste. Im 19. Jahrhundert ging die Chormusik in die Hände engagierter bürgerlicher Laiensängerinnen und –sänger über: 1888 wurde der „Protestantische Kirchenchor e.V.“ gegründet. Beheimatet an der Dreieinigkeitskirche wurde der Chor im Jahre 1967 von Walter Opp, mit vielen jungen Sängern neu aufgebaut. Er gab dem Chor auch seinen heutigen Namen „Regensburger Kantorei“ und betonte damit seinen überkonfessionellen Charakter. Von 1978 bis zu seinem Ruhestand 2008 führte Christian Kroll die erfolgreiche Arbeit seiner Vorgänger zielstrebig weiter. Die Kantorei wurde immer mehr zu dem Konzertchor in Regensburg mit einem Repertoire von der Renaussance bis zu Uraufführungen. Mehrere Konzertreisen nach Italien, Ungarn, Tschechien, Schottland und Israel sowie Rundfunk- und Fernsehaufnahmen machten den Chor einem breiten Publikum bekannt. Im Jahr 1991 gründete Kroll den Raselius-Chor als Kammerchor der Regensburger Kantorei.
Seit Oktober 2008 ist KMD Roman Emilius Leiter der Regensburger Kantorei. Er ergänzte das übliche Repertoire von Bach bis Brahms mit weniger oft aufgeführten Chormusik-Perlen vom Barock bis zur Romantik. Konzertreisen, z.B. nach Mecklenburg oder Thüringen verbanden die Besichtigung von Stätten der Musik- und Kulturgeschichte mit eigenen Aufführungen des Chors.